S vyhlášením války Německu si britské a francouzské námořnictvo rozdělilo operační oblasti. Royal Navy byla odpovědná za operace v Severním moři a na většině Atlantiku, a ve Středomoří měla operovat koordinovaně s Francouzi. Kromě hladinových plavidel disponovalo britské námořnictvo v září 1939 šedesáti ponorkami, z nichž většina byly moderní a dobře vyzbrojené lodě, z nichž 21 bylo nasazeno v domácích vodách a čtyři v Atlantiku. Hlavním úkolem ponorek Domácího loďstva (Home Fleet) byly hlídkové plavby jihozápadně od Norska a před německými severomořskými základnami, jak proti hladinovým plavidlům nepřítele tak ponorkám.
Royal Navy disponovala během války dvěma základními druhy ponorek. Jednak velkými čluny určenými pro dálkové hlídkové plavby na oceánech. Jednak hlídkovými ponorkami střední velikosti vhodnými pro nasazení v omezených prostorách Severního moře a Středomoří. Kromě nich tu byly neúspěšné flotilové ponorky, minonosky, jež učinilo zbytečnými zavedení torpédomety vypouštěných min, a miniponorky, které zaznamenaly zajímavé úspěchy při sabotážních misích v protivníkových kotvištích a posloužily také při vylodění v Normandii, kde pomáhaly při navigaci obojživelným tankům.
Psali jsme: Britské ,,trpasličí" ponorky třídy X. Plavidla, která pomohla k úspěšnému vylodění v Normandii
Mezi velké ponorky patřily třídy O (Oberon, Odin), P (Parthian) a R (Rainbow) uvedené do služby v letech 1925–1931. Devatenáct člunů s výtlakem na hladině 1350–1475 tun a vyzbrojených jedním 102mm dělem a osmi torpédomety ráže 533 mm. Jejich operační dosah se pohyboval okolo 15 tisíc km. Z nedostatku vhodnějších plavidel byly nasazené převážně ve Středomoří, kde bylo z 15 ponorek 11 ztraceno.
Jako náhrada za třídy O, P a R byly zkonstruovány ponorky třídy T. Jejich výtlak byl o něco snížen (na 1090 tun), aby bylo možné postavit v rámci limitů Londýnské smlouvy více lodí. Do služby byly uvedeny tři postupně vylepšované skupiny této třídy: Triton v listopadu 1938, Thrasher v květnu 1941 a P-311 v srpnu 1942 (ponorka P-311 byla potopena dříve než byly člunům této podtřídy v lednu 1943 přidělena jména). Kromě šesti interních torpédometů v přídi byly vyzbrojené také čtyřmi externími, jejichž smyslem bylo omezit počet otvorů, aby nebyla narušena odolnost trupu ve větší hloubce. Všechny mířily dopředu. Zkušenosti ponorkových velitelů však žádaly také zadní torpédomet, původně považovaný za nadbytečný a omezující již tak nedostatečné prostory v interiéru ponorky: na některé čluny byl proto přidán jedenáctý externí torpédomet zamířený vzad, a dva další, umístěné při věži, byly otočeny.
Další vývoj směřoval k ponorkám třídy A (Ampion), které však přišly pozdě a před koncem války byly dokončené jen dvě.
Psali jsme: Video: Zkáza bitevní lodi HMS Barham
Mezi ponorkami střední velikosti najdeme čluny třídy U (Undine), což byly původně neozbrojené cvičné lodě vyzbrojené pro operační nasazení 4–6 torpédomety. Pro snadnou a levnou výrobu jich vzniklo během války 49 a 19 jich bylo ztraceno. Z 22 člunů třídy V, jež byla také označována jako třída U s dlouhým trupem, vyzbrojených čtyřmi torpédomety, které vstoupily do služby v letech 1943 a 1944 již nebyl ztracen žádný.
Plnohodnotnými bojovými ponorkami střední velikosti byly lodě třídy S (Swordfish), kterých bylo ve čtyřech skupinách postaveno 62. Na svou velikost měly plnohodnotnou torpédovou výzbroj (šest torpédometů), aby byly schopné vyslat torpédové salvy z velké vzdálenosti s nadějí na úspěch, a zůstat přitom co nejdále od zdokonalujících se prvků protiponorkového boje. Během války jich bylo ztraceno 18, přičemž z dvanácti člunů, které byly ve službě při jejím vypuknutí, ztratilo námořnictvo plných devět.
Miniponorky X (X-craft) vyzbrojené přísavnými minami dosáhly několika pozoruhodných úspěchů. Dvěma se podařilo v září 1943 ochromit bitevní loď Tirpitz. V Singapuru v červenci 1945 dorazily v bitvě v zátoce Leyte poškozený japonský těžký křižník Takao.
Psali jsme: Co možná nevíte o Hitlerově bitevní lodi Tirpitz
Ve srovnání s německými U-Booty v Atlantiku nebo americkými ponorkami operujícími v letech 1941–1945 v Tichém oceánu, měli velitelé britských ponorek řádově méně příležitostí vyniknout. V Evropě, Indickém oceánu i v jihozápadním Tichomoří byly hladinové síly nepřítele i námořní přeprava relativně omezené, a ztráty britských ponorek v poměru k potopené tonáži vycházejí na pohled hůř. Významnou roli však sehráli mj. v serveroafrickém tažení, kdy se jim dařilo narušovat německé a italské spojení s bojujícími jednotkami, podobně účinně zasahovaly proti lodní dopravě mezi Německem a okupovaným Norskem nebo proti japonským lodím zásobujícím jednotky v Burmě. A kromě toho se podílely na bezpočtu tajných operací speciálních sil, vysazování a vyzvedávání agentů, zásilek, výstroje, apod.
V přímém vzájemném soupeření s německými U-Booty pak byly britské posádky výrazně úspěšnější. Samy potopily 12 německých člunů při ztrátě čtyř vlastních. Přirozeně to bylo dáno tím, že prioritou německých ponorkových velitelů nebyl boj proti ponorkám nepřítele, tento boj nevyhledávali, a byli v tomto ohledu spíše „kořistí“.